自然界用了幾十億年遺傳密碼，被科學家重新編寫成功
我們知道，自然界的生物采用一套通用密碼來儲存遺傳信息。美妙的DNA長鏈中，每三個化學堿基(核苷酸)組成一個“密碼”，編寫一個特定的氨基酸或一個終結蛋白質合成的信號。
代表四種化學堿基的四個字母——A、T、C、G——排列組合出64種密碼子，為20種必需氨基酸編碼。一種氨基酸對應于不止一個密碼子，在合成生物學家眼中，這種冗余可以得到優化。
頂尖學術期刊《自然》今日上線的一篇論文中，英國劍橋MRC分子生物學實驗室的Jason Chin教授與其同事就在大腸桿菌中實現了目標。他們重新編碼了一個大腸桿菌菌株的全部基因組，只用59個密碼子就合成出所有的必需氨基酸，代表終止信號的密碼子也從3個壓縮為2個。而“節省”下來的密碼子，可以為將來在活細胞內生成非天然的“定制蛋白質”提供合成空間。
打個粗略的比方，這項工作就好像在生物體的基因組中做了全文查找替換，把特定的幾個詞全部替換為它們的同義詞。在64個三聯密碼子中，TAA、TAG和TGA都代表終止信號，研究人員找出基因組開放閱讀框中的TAG密碼子，全部替換為同樣表達終止的TAA。而在編碼必需氨基酸的61個密碼子中，有6個密碼子用來編碼絲氨酸，研究人員把其中的兩個(TCC和TCA)替換為它們的同義密碼子(AGC和AGT)。
▲按照設計，原大腸桿菌中的三個密碼子被替換為它們的同義密碼子(圖片來源：《自然》)
然而，說來簡單，實際上在研究人員實現替換的大腸桿菌細胞內，DNA信息“文本”很大，共由400萬對堿基寫成，經過重新編碼設計，被“同義詞”替換的密碼子共有18218個。
為了在基因組中實現高效替換，Chin教授與其同事采用了一種巧妙的拆解和替代的方法。他們把大腸桿菌4Mb的基因組先隔斷為8大段，再每段隔為4~5個中片段，進而分解為長度10kb左右的小片段。
▲整個基因組被分為37個片段，逐段被人工合成的DNA片段替換(圖片來源：《自然》)
接下來，該研究團隊充分運用了他們此前開發的一種方法，以人工合成的DNA序列來取代大腸桿菌基因組中的小片段。這種名為REXER的方法，結合了CRISPR/Cas9基因編輯手段，降低了編輯DNA的成本，同時提高了精度。
在REXER的基礎上，研究團隊設計了一種名為GENESIS的基因組合成路線，通過不斷迭代，逐步替換基因組中其他片段，最終將8個重編碼的大片段裝配成完整的基因組，創建出純粹為人造基因組的大腸桿菌，這也是迄今為止科學家得到的基因組替換規模最大的生物體。
測序結果顯示，新合成的大腸桿菌“Syn61”中，三個目標密碼子全部被同義密碼子取代。同時，這些缺少了特定密碼子的大腸桿菌仍能維持生命，可以在培養普通大腸桿菌的培養基中生長，說明重新編寫成功了!
▲本研究的通訊作者Jason Chin教授在操控遺傳密碼方面做了很多工作(圖片來源： MRC分子生物學實驗室)
移除密碼子還只是改寫生命藍圖的開始。在Jason Chin教授看來，釋放出的多余密碼子在未來可以被用于許多其他途徑，例如，讓相應密碼子的轉運RNA改去接附其他的非天然氨基酸，從而在細胞或生物體內合成新的多肽或蛋白質，也將為工業應用中構建更廣泛的蛋白質打開大門。
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